Bases de dados de domínios de proteínas
Análise dos genes com função de transporte
Um transportador pode atuar por diferentes mecanismos, transportando compostos do interior/exterior da célula para o exterior/interior. Cada transportador é caracterizado pelo tipo de compostos que movimenta, pelo local onde se encontra na célula (ADICIONAR).
Em relação ao genoma em estudo, foram encontrados 11 genes com função de transporte e no sentido de aprofundar a pesquisa em termos de tranportadores, realizou-se um estudo às proteínas transportadoras codificadas pela zona do genoma de interesse. Deste modo, utilizaram-se as bases de dados TCDB (www.membranetransport.org/all_type_btab.php?oOID=lpne1) e TransportDB (www.membranetransport.org/). O resultado da pesquisa encontra-se numa tabela no link abaixo (tabela.xls) e esta foi organizada de acordo com os pontos seguintes.
- Identificação do gene (Nome; Locus tag; GeneID; GI; KEGG ID);
- Family ID;
- Family TC;
- Tipo de transportador;
- Substrato transportado.
Tabela transportadores
www.dropbox.com/s/a0y43gxhse7uvke/Tabela_Transportadores.xlsx?dl=0
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Análise dos genes com função patogénica e de resistência
Com recurso à base de dados PATRIC, foi possível analisar quais os genes com fatores de virulência ou de resistência a antibióticos. A informação descrita encontra-se organizada do seguinte modo:
- Identificação dos genes (Nome; Locus tag; PATRIC ID);
- Propriedades (Virulência ou Resistência);
- Source;
- Product (proteína codificada pelo gene);
- Function.
Tabela patogenia e resistência
www.dropbox.com/s/6p0b7m86v9qvilk/resistencia.xlsx?dl=0
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Análise aos genes com função reguladora: fatores de transcrição
Os factores de transcrição são proteínas que se ligam ao DNA de células eucarióticas para permitir que haja uma ligação entre a enzima RNA-polimerase e o DNA, permitindo, assim, a transcrição e, futuramente a tradução.
Em relação ao genoma em estudo, foram encontrados 4 genes com função de reguladora e, com o intúito de e aprofundar a pesquisa em termos de fatores de transcrição, realizou-se um estudo relativamente aos fatores de transcrição codificados pela zona do genoma de interesse. Deste modo, utilizaram-se as bases de dados DBD: Trancription factor prediction database e EMBL-EBI.
O resultado da pesquisa encontra-se numa tabela no link abaixo (tabelatranscricao.xls) e, esta, foi organizada de acordo com os pontos seguintes.
- Gene Identification (Name, Locus tag, NCBI GeneID, NCBI Acession (GI), Strand)
- Transcription Identification (Name, Properties - Transcription ID, Sequence ID -, Domain Architecture)
Tabela Transcrição
www.dropbox.com/s/5shp54xcthhi5nf/tabelatranscricao.xlsx?dl=0
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Análise aos genes com função metabólica:
Em relação ao genoma em estudo, foram encontrados 39 genes com funções possivelmente, metabólicas. Assim, aprofundando a pesquisa sobre as vias metabólicas destes genes, pesquisou-se a nível do NCBI e da base de dados KEGG.
A informação obtida foi, como havia sido proposto pelo docente, exposta da seguinte forma:
- Gene Identification (Name, Locus tag, NCBI GeneID, NCBI Acession (GI))
- EC number
- KEGG reactions ID's
- KEGG pahtways
Tabela funções metabólicas
www.dropbox.com/s/qvbslozh1r433t2/metabolismo.xlsx?dl=0
Na figura seguinte encontra-se ainda uma referência sobre a legionella e o seu metabolismo, encontrada na base de dados KEGG.
"Legionellosis is a potentially fatal infectious disease caused by the bacterium Legionella pneumophila and other legionella species. Two distinct clinical and epidemiological syndromes are associated with Legionella species: Legionnaires' disease is the more severe form of the infection, which may involve pneumonia, and Pontiac fever is a milder respiratory illness. The pathogenesis of L. pneumophila is derived from its growth within lung macrophages. One of the L. pneumophila's type IV secretion systems, the Dot/Icm secretion system, is of critical importance for its ability to replicate and to cause disease. The Dot/Icm substrates modulate multiple host cell processes and in particular, redirect trafficking of the L. pneumophila phagosome and mediate its conversion into an ER-derived organelle competent for intracellular bacterial replication. L. pneumophila also manipulates host cell death and survival pathways in a way that allows continued intracellular replication."
