Análise de Homologias por Blast

    Através da utilização como query de cada uma das sequências proteicas presentes em cada feature do tipo CDS e com recurso à ferramenta do NCBI BLAST (basic local alignment search tool), é possível analisar homologais, isto é regiões de similaridade entre proteínas da espécie em estudo.

Para tal, no Biopython, a nossa script presente no programa homologiasblast.py permitiu identificar todas as features que são do tipo CDS do ficheiro sequence.gb contendo apenas a região em estudo, isto é locus_tag de 2366 a 2581. A fim de se obter a correspondente sequência de aminoácidos que constituem a proteína, a cada feature do tipo CDS identificada destacou-se o qualifier translation e assim o conjunto de proteínas encontradas foram utilizadas individualmente como uma sequência query na ferramenta BLAST.

    Numa fase final, cada sequência query é corrida na base de dados da NCBI BLAST.Por fim, obtém-se o ficheiro homologiasblast.xml com o resultado das homologias em análise.