Mestrado Integrado em Engenharia Biomédica
3º Ano
Bioinformática
O objetivo deste trabalho passa pela utilização das ferramentas bioinformáticas estudadas na unidade curricular na análise do genoma desta bactéria, usando a sequenciação da estirpe Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (NCBI taxon: 272624), que contém aproximadamente 3000 genes, num genoma circular com cerca de 3.4 milhões de bases.
O registo do NCBI Ref Seq como identificador (Accession) NC_002942.5 será utilizado para o efeito (GI:52840256). A este grupo de trabalho (12) foram atribuídos os genes lpg2366 a lpg2581, na zona do genoma 2670701 a 2911300.
O objetivo da análise a realizar passa pela caracterização funcional dos genes atribuídos a cada grupo.
Entre as diversas questões biológicas relevantes a abordar no trabalho podem incluir-se a análise do papel dos genes/ proteínas atribuídos no processo de infeção e interação com o hospedeiro humano, na forma como os fármacos (e.g. antibióticos) para doença relacionada atuam e processos de resistência, na aquisição de nutrientes pela bactéria a partir do meio, na invasão de amebas ou na transferência de ADN através do meio aquoso.
Os genes e as respetivas proteínas deverão ser caracterizados em termos da sua função (e.g. metabólica – enzimas, regulatória, cascatas de sinalização, transportadores, etc), sendo também identificadas as bases de dados na pesquisa de informação de interesse, mantendo os respetivos identificadores.
De forma a partilhar os resultados da obtidos (na forma de tabelas com as anotações dos genes e respetivas observações, relatórios explicando as análises realizadas e código usado) escolheu-se criar um site.